Ölümsüz yeni bir insan ırkı, ''Ajin'' olan Kei Nagai. Onu yakalayıp ödül parasına sahip olmak isteyen tüm insanlardan kaçışı sırasında yakalanan kei, Ajin olmanın gerçeklerini fark eder.
Tehlikeli olmadığı söylenilen Ajinlerin içinde farklı bir tür vardır. Farklı türler, oldukça tehlikeli olan ''Siyah Hayalet'i çağırma yeteneğine sahiptirler.
Kaçışında ona yardımcı olan tek arkadaşı Kai ile yollarını ayıran Kei, Ajiler ile iletişime geçmeyi dener.